Kad pomislimo na gljive, najčešće su nam u mislima samo njihova plodišta koja se razvijaju u povoljnim vremenskim uvjetima i traju razmjerno kratko. Međutim, plodište je samo dio puno većeg organizma čiji se trajni dijelovi nalaze skriveni u tlu.
Poznato je da su gljive, uz bakterije, glavni razlagači u većini kopnenih ekosustava. Hife gljiva luče enzime kojima razgrađuju organske tvari mrtvih organizama na jednostavnije komponente, čineći ih dostupnima za druge organizme. Saprofitske gljive su stoga ključne u procesima kruženja ugljika i dušika te smanjivanja akumulirane mrtve organske tvari u ekosustavu.
S druge strane, parazitske gljive napadaju živo tkivo domaćina (npr. oslabljena i stara stabla) uzrokujući bolest i potencijalnu smrt domaćina. Parazitske gljive imaju značajnu ulogu u prirodnoj selekciji, životnim ciklusima i povećavanju raznolikosti šumskih staništa.
Posebno je važna uloga gljiva u formiranju mikorize, simbiontske veza gljive i biljke, kod koje se micelij gljive povezuje s korijenovim sustavom biljke. Mikoriza ima golemo značenje za život na kopnu jer gotovo 90% biljnih vrsta živi u mikorizi, a veliki broj gljiva i biljnih vrsta (npr. kaćuni) ne može živjeti bez svojih mikoriznih partnera. Ustanovljeno je da podzemna mreža hifa u šumi povezuje korjenske sustave različitih vrsta biljaka, provodeći nutrijente, vodu i kemijske signale (!) između stabala, pa čak i stabala različitih vrsta. To je samo potvrda da je šumu potrebno sagledavati sveobuhvatno, kao cjelinu u kojoj su svi organizmi međusobno povezani.