Područje Regionalnog parka „Mura-Drava“ u velikom se dijelu preklapa i s područjima ekološke mreže Natura 2000 koja su proglašena sukladno europskim direktivama (Direktivi o pticama i Direktivi o staništima), koje predstavljaju temelj zakonodavstva EU u zaštiti prirode. 

Natura 2000 je europska ekološka mreža sastavljena od područja u kojima se nalaze prirodni stanišni tipovi i staništa divljih vrsta od interesa za Europsku uniju, a omogućuje očuvanje ili, kad je to potrebno, povrat u povoljno stanje očuvanja određenih prirodnih stanišnih tipova i staništa vrsta u njihovu prirodnom području rasprostranjenosti. Dosad je u ekološku mrežu uključeno oko 27.800 područja na gotovo 20% teritorija EU, što je čini najvećim sustavom očuvanih područja u svijetu, a među područjima uključenim u europsku ekološku mrežu nalazi se i područje tzv. Dravskih akumulacija, odn. područje uz rijeku Dravu u od granice sa Slovenijom do kraja akumulacijskog jezera HE Dubrava, unutar kojeg se nalazi i Dravska park-šuma.

U okviru područja europske ekološke mreže Natura 2000 razlikujemo Područja očuvanja koja su značajna za ptice (POP), kao i Područja očuvanja koja su značajna za vrste i stanišne tipove (POVS). Područje uz rijeku Dravu u Varaždinskoj županiji istovremeno je i područje očuvanja značajno za ptice (POP), kao i područje očuvanja značajno za vrste i stanišne tipove (POVS):

POP Dravske akumulacije – područje je očuvanja značajno za brojne vrste ptica (vodomar, crna roda, crvenokljuna čigra, mala prutka, patka kreketaljka, velika bijela čaplja, eja močvarica, eja strnjarica, mala bijela čaplja, mali sokol, čapljica voljak, gak, mali vranac, bregunica i druge).

POVS Dravske akumulacije – područje je očuvanja značajno za očuvanje brojnih vrsta (vidra, dabar, bolen, prugasti balavac, Balonijev balavac, veliki vretenac, zlatni vijun, bjeloperajna krkuša, grimizna plosnatica) i tanišnih tipova (aluvijalne šume, nizinske košanice, prirodne eutrofne vode vegetacijom Hydrocharition ili Magnopotamion, hidrofilni rubovi visokih zeleni uz rijeke i šume).